Jack é contactado por Atlas via rádio, e é guiado em segurança fora do alcance dos Splicers. Atlas pede ajuda a Jack para parar Ryan, indicando-o uma batisfera, onde ele diz que está a sua família aprisionada por Ryan. Quando Jack encontra uma Little Sister e o seu Big Daddy, Atlas insta Jack para matar o Big Daddy e a Little Sister para retirar o seu ADAM para si próprio; Dr. Tenenbaum apercebe-se e intercepta Jack antes deste magoar a Little Sister, dizendo-o para poupar a criança, dando-lhe um plasmídeo que força a lesma marítima a sair do corpo da criança. Jack eventualmente consegue chegar à batisfera, mas Ryan consegue destrui-la pouco antes de Jack chegar.
Enraivecido, Atlas direcciona Jack em direcção à mansão de Ryan, lutando pelo caminho contra os seus Splicers e encontrando-se com cidadãos muito dementes. Ultimamente, Jack entra no escritório pessoal de Ryan, onde Ryan já esperava Jack para poderem jogar golfe. Ryan explica-lhe que é seu filho ilegítimo, retirado da sua mãe por Fontaine que o colocou fora do alcance de Ryan na superfície, e geneticamente modificado para envelhecer rapidamente. Jack foi revelado, sem saber, ser um agente adormecido, condicionado a aceitar a frase código, "Would you kindly" (inglês para: Por Gentileza.), o que o forçava a actuar cegamente qualquer instrução que se seguisse aquela frase. Fontaine planeava usar Jack como um trunfo na sua guerra contra Ryan, trazendo-o de volta a Rapture na altura correcta; a genética de Jack permite-lhe aceder aos sistemas, como a batisfera, que Ryan tinha bloqueado há muito tempo atrás. Ryan aceita a sua morte de livre vontade, e usa a condição de Jack para força-lo a mata com o taco de golfe. Depois de matar Ryan, Jack apercebe-se de que a frase chave "Would you kindly" precedeu muitas das ordens de Atlas, e que o próprio Jack é responsável por ter despenhado o avião junto ao terminal batisférico, depois de ter lido uma carta que continha a frase. Atlas contacta Jack, revelando ser Fontaine; sem Ryan, Fontaine toma controlo dos sistemas de Ryan, e deixa Jack a morrer à mercê de drones de segurança largados no escritório de Ryan.
Existem dois finais, dependendo da interação que o jogador teve com as Little Sisters, ambos narrados pela Dra. Tenenbaum. Se o jogador salvou todas as Little Sisters, o fim mostra cinco Little Sisters voltando à superfície com Jack e vivendo a sua vida sob sua protecção, incluindo a sua graduação da universidade, os seus casamentos, e terem crianças; termina com um momento comovente, com um Jack já idoso cercado no seu leito de morte por todas as cinco já adultas.
No caso de mais do que uma Little Sister ter sido morta, o fim mostra Jack controlando as Little Sisters para extrair o ADAM.[36] Tenenbaum narra a história do que aconteceu de um modo triste, condenando Jack pelas suas ações. O fim mostra então um submarino passando junto aos destroços do avião, que de repente é cercado por batisferas cheias de Splicers que atacam a tripulação e tomam controle do submarino. É revelado que o submarino contém mísseis nucleares, e Tenenbaum diz que Jack "roubou os terríveis segredos do mundo".
O tom de voz de Tenenbaum fica mais hostil se o jogador matou todas as Little Sisters
